Yaklaşık 130 Yıllık Dokudan Tazmanya Kaplanının RNA’sı Okundu
Discovery Of NatureYazar
Tazmanya kaplanı ya da thylacine (Thylacinus cynocephalus), modern çağlara kadar yaşamış en büyük etobur Avustralya keselilerinden biriydi. Avustralya anakarasındaki popülasyonları binlerce yıl önce kayboldu; Tazmanya’daki son bilinen birey ise 1936’da Hobart’taki hayvanat bahçesinde öldü. Müze koleksiyonlarında korunan örnekler, türün yok oluşundan onlarca yıl sonra bile genom ve gen ifadesi hakkında yeni bilgiler sağlamaya devam ediyor.
2017: Korunmuş bir yavrudan genom dizilendi
Andrew Pask ve çalışma arkadaşlarının 2017 sonunda yayımlanan, 2018’de Nature Ecology & Evolution’ın basılı sayısında yer alan çalışması, yaklaşık 108 yıllık alkolde korunmuş bir thylacine kese yavrusundan yüksek kapsamlı genom dizisi üretti. Çalışma thylacine’in keseli etoburlar arasındaki akrabalığını, tarihsel genetik çeşitliliğini ve köpekgillerle çarpıcı biçimde benzer vücut şeklinin yakın akrabalıktan değil yakınsak evrimden kaynaklandığını incelemeye yardımcı oldu.
DNA ile RNA arasındaki fark neden önemli?
DNA bir organizmanın kalıtsal dizisini taşır, fakat bir dokuda hangi genlerin aktif olduğuna dair bilgiyi tek başına vermez. RNA molekülleri ise genlerin hangi dokularda ifade edildiğine dair izler taşır. RNA genellikle DNA’dan daha hızlı parçalandığı için onlarca yıl oda sıcaklığında korunmuş kuru müze örneklerinden anlamlı transkriptom verisi elde etmek uzun süre çok zor kabul edildi.
2023: Soyu tükenmiş bir hayvandan ilk tarihsel transkriptom
Emilio Mármol-Sánchez ve çalışma arkadaşları 2023’te Genome Research’te, İsveç Doğa Tarihi Müzesi’nde oda sıcaklığında kurutularak korunmuş yaklaşık 130 yıllık bir thylacine örneğinin kas ve deri dokularından RNA çıkardıklarını bildirdi. Ekip milyonlarca RNA fragmanını analiz ederek deri ve iskelet kasına özgü gen ifade profillerini yeniden oluşturdu.
Çalışma, soyu tükenmiş bir hayvan türünden dokuya özgü tarihsel RNA ifade profillerinin başarıyla elde edildiği ilk çalışma olarak yayımlandı. Araştırmacılar ayrıca genomdaki eksik bazı kodlayan ve kodlamayan bölgelerin anotasyonunu iyileştirdi, thylacine’e özgü bir mikroRNA izoformu belirledi ve örnekte RNA virüslerine ait izler tespit etti.
Bu çalışma thylacine’i geri getirmeye yeter mi?
Hayır. Tarihsel RNA, yok olmuş bir hayvanın dokularında hangi genlerin çalıştığını anlamak için yeni veri sağlar; fakat tek başına bir türü yeniden yaratmak için yeterli değildir. “De-extinction” girişimleri genom düzenleme, embriyoloji, gelişim biyolojisi, uygun yakın akraba türler ve çok sayıda etik-ekolojik sorunu içerir. RNA çalışmasının doğrudan kanıtladığı şey, doğal tarih müzelerindeki eski örneklerden daha önce kayıp kabul edilen gen ifadesi bilgisinin kurtarılabileceğidir.
